Baca Juga: Tips Memilih dan Menyimpan Buah Kelengkeng
Untuk menghindari serangan kelelawar dilakukan pemberongsongan buah dengan anyaman dari bambu. Penyakit yang ditemukan pada lengkeng adalah jamur upas, akar putih, akar hitam, bercak daun dan busuk akar.
Pengendalian tanaman yang terkena jamur dilakukan dengan memangkas ranting yang sakit serta menyemprot dengan fungisida, sedangkan untuk penyakit akar pengen-dalian dilakukan dengan mencabut tanaman yang sakit dan kemudian membakarnya.
Selain itu pencegahan penyakit juga diperlukan dengan cara menjaga sanitasi kebun.