Lalu pemberontakan Darul Islam/Tentara Islam Indonesia (DI/TII) juga mendapat perlawanan dari Armada RI sehingga tidak ada lagi pemberontakan terhadap NKRI.
Armada RI kemudian semakin lebih baik serta menjelma sebagai Armada berdasarkan Surat Keputusan Kasal No. A 4/2/10 bertepatan pada 14 September 1959 lalu menjadi Komando Armada RI yang selanjutnya diresmikan bertepatan pada 5 Desember 1959.
Armada RI Kawasan Barat dan Armada RI Kawasan Timur adalah pembagian wilayah diresmikan bertepatan pada 30 Maret 1985 hal ini merunut Surat Keputusan Panglima ABRl No.Kep.171/III/1985.
Berikutnya, berdasarkan surat keputusan kasal No.Skep/4033/XI/1987 yang ditetapkan tanggal 17 November 1987, yaitu hari lahirnya Armada RI resmi disetujui pada tanggal 5 Desember, dan selanjutnya disebut sebagai Hari Armada RI.***